Composition du Jury:

Roderic GUIGO
Research director CRG Barcelone /Rapporteur

Emmanuelle JACQUIN-JOLY
Directrice de recherche INRA/Rapporteure

Julien BOBE
Directeur de recherche INRA/Examinateur

Christian DIOT
Directeur de recherche INRA/Examinateur

Hélène TOUZET
Directrice de recherche CNRS/Examinatrice

Denis TAGU
Directeur de recherche INRA/Directeur de thèse

Jacques NICOLAS
Directeur de recherche INRIA/Directeur de thèse

Résumé:

Cette thèse cherche à discriminer au niveau génomique entre le développement d’embryons vers un mode de reproduction sexué et le développement vers un mode asexué chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Cette discrimination passe par la création
du réseau de régulation post-transcriptionnelle des microARN et des ARNm qui possèdent des cinétiques d’expression différentes entre ces deux embryogenèses ainsi que par l’analyse des modules d’interactions de ce réseau par l’utilisation de l’analyse de concepts formels.
Pour ce faire, une stratégie en plusieurs étapes a été mise en place :

- la création d’un réseau d’interactions entre les microARN et les ARNm du puceron du pois

- l’extraction et la réduction du réseau aux microARN et ARNm qui possèdent des cinétiques différentes entre les deux embryogenèses à partir des données d’expression tirées du séquençage haut-débit

- l’analyse du réseau d’interactions réduit aux éléments d’intérêt par l’analyse de concepts formels.

L’analyse du réseau a permis l’identification de différentes fonctions potentiellement importantes comme l’ovogenèse, la régulation transcriptionnelle ou encore le système neuroendocrinien. En plus de l’analyse du réseau, l’analyse de concepts formels a été utilisée pour définir une méthode de réparation de graphe biparti basée sur une topologie en « concepts » ainsi qu’une méthode de visualisation de graphes bipartis par ses concepts.

Abstract:

This thesis aims to discriminate between embryos development towards either sexual or asexual reproduction types in pea aphids, Acyrthosiphon pisum , at the genomic level.
This discrimination involves the creation of a post-transcriptional regulation network between microRNAs and mRNAs whose kinetic expressions change depending on the embryogenesis. It also involves a study of this network’s interaction modules using formal concept analysis. To do so, a three-step strategy was set up.

First the creation of an interaction network between the pea aphid’s microRNAs and mRNAs. The network is then reduced by keeping only microRNAs and mRNAs which possess differential kinetics between the two embryogeneses, these are obtained using high-throughput sequencing data. Finally the remaining network is analysed using formal concept analysis.

Analysing the network allowed for the identification of several functions of potential interest such as oogenesis, transcriptional regulation or even neuroendocrine system. In addition to network analysis, formal concept analysis was used to create a new method to repair a bipartite graph based on its topology and a method to visualise a bipartite graph using its formal concepts.